1. แหล่งกำเนิดแสงที่แตกต่างกัน
แหล่งกำเนิดแสงที่ใช้ในกล้องจุลทรรศน์คือการไหลของอิเล็กตรอนที่ปล่อยออกมาจากปืนอิเล็กตรอน และแหล่งกำเนิดแสงของกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงคือแสงที่มองเห็นได้ (แสงแดดหรือแสง) เนื่องจากความยาวคลื่นของการไหลย่อยนั้นสั้นกว่าความยาวคลื่นของคลื่นแสงมาก กำลังขยายและความละเอียดของกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนจึงสูงกว่าของกระจกสะท้อนแสงอย่างมีนัยสำคัญ .
2. เลนส์ต่างๆ
เลนส์ใกล้วัตถุที่ขยายในกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนคือเลนส์แม่เหล็กไฟฟ้า (ขดลวดแม่เหล็กไฟฟ้ารูปวงแหวนที่สามารถสร้างสนามแม่เหล็กตรงกลางได้) และเลนส์ใกล้วัตถุของกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงคือเลนส์ออปติกที่ทำจากแก้ว เลนส์แม่เหล็กไฟฟ้าในกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนมีสามกลุ่ม ซึ่งเทียบเท่ากับการทำงานของเลนส์คอนเดนเซอร์และเลนส์ใกล้ตาในกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสง
3. หลักการถ่ายภาพแบบต่างๆ
ในกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน ลำแสงอิเล็กตรอนที่กระทำกับตัวอย่างที่จะตรวจสอบจะถูกขยายด้วยเลนส์แม่เหล็กไฟฟ้า จากนั้นจะกระทบกับหน้าจอเรืองแสงเพื่อถ่ายภาพหรือกระทำกับฟิล์มไวแสงสำหรับการถ่ายภาพ กลไกของความแตกต่างของความหนาแน่นของอิเล็กตรอนคือเมื่อลำแสงอิเล็กตรอนกระทำกับตัวอย่างที่จะทดสอบ อิเล็กตรอนที่ตกกระทบจะชนกับอะตอมของสารเพื่อทำให้เกิดการกระเจิง และส่วนต่างๆ ของตัวอย่างมีองศาการกระเจิงที่แตกต่างกันสำหรับอิเล็กตรอน ดังนั้นภาพอิเล็กตรอนของตัวอย่างจึงแสดงเป็นเฉดสี ภาพวัตถุของตัวอย่างในกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงจะแสดงด้วยความแตกต่างของความสว่าง ซึ่งเกิดจากความแตกต่างของปริมาณแสงที่ดูดซับโดยโครงสร้างต่างๆ ของตัวอย่าง
4. ความละเอียด
เนื่องจากการแทรกสอดและการเลี้ยวเบนของแสง ความละเอียดของกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงจึงจำกัดได้เพียง 02-05um เนื่องจากกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนใช้ลำแสงอิเล็กตรอนเป็นแหล่งกำเนิดแสง อัตราความล้มเหลวอาจสูงถึงระหว่าง 1 ถึง 3 นาโนเมตร ดังนั้น การสังเกตเนื้อเยื่อของกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงจึงเป็นของการวิเคราะห์ระดับไมครอน และการสังเกตเนื้อเยื่อของกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนเป็นของการวิเคราะห์ระดับนาโน
5. ระยะชัดลึก
โดยทั่วไป ความชัดลึกของฟิลด์ของกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงจะอยู่ระหว่าง 2-3um ดังนั้นความเรียบของพื้นผิวของตัวอย่างจึงเป็นสิ่งที่ต้องใช้มาก ดังนั้นขั้นตอนการเตรียมตัวอย่างจึงค่อนข้างซับซ้อน จิตวิญญาณของ SEM สามารถสูงได้หลายเมตร ดังนั้นจึงไม่มีข้อกำหนดสำหรับความเรียบของรูปทรงเรขาคณิตของพื้นผิวตัวอย่าง การเตรียมตัวอย่างค่อนข้างง่าย และรูปทรงเรขาคณิตของตัวอย่างบางตัวอย่างไม่จำเป็นต้องมีการเตรียมตัวอย่าง กล้องจุลทรรศน์สเตอริโอมีความชัดลึกค่อนข้างมาก แต่ความละเอียดต่ำมาก
6. ใช้วิธีการเตรียมชิ้นงานทดสอบที่แตกต่างกัน
ขั้นตอนการเตรียมตัวอย่างเนื้อเยื่อและเซลล์ที่ใช้ในการสังเกตการณ์ด้วยกล้องจุลทรรศน์มีความซับซ้อน มีความยุ่งยากทางเทคนิคและค่าใช้จ่ายสูง รีเอเจนต์พิเศษและการดำเนินการจำเป็นในขั้นตอนของการสุ่มตัวอย่าง การตรึง การคายน้ำ และการฝัง ในที่สุด บล็อกเนื้อเยื่อที่ฝังไว้จำเป็นต้องใส่ใน ultramicrotome เพื่อตัดเป็นชิ้นตัวอย่างบางเฉียบที่มีความหนา 50 ~ 100nm ตัวอย่างที่สังเกตด้วยกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงโดยทั่วไปจะวางบนแผ่นกระจก เช่น ชิ้นเนื้อเยื่อธรรมดา ชิ้นตัวอย่างเซลล์สเมียร์ ตัวอย่างเนื้อเยื่อกดทับ และตัวอย่างเซลล์หยด
7. การขยายภาพ
กำลังขยายที่มีประสิทธิภาพของกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงคือ 1000X กำลังขยายที่มีประสิทธิภาพของกล้องจุลทรรศน์ไฟฟ้าที่ดีสามารถเข้าถึง 1,000,000X
