ข้อมูลเบื้องต้นเกี่ยวกับข้อดีและข้อเสียของกล้องจุลทรรศน์สแกนด้วยเลเซอร์มัลติโฟตอน
1. การใช้แสงสีแดงหรือแสงอินฟราเรดเพื่อกระตุ้น การกระเจิงของแสงมีขนาดเล็ก และการกระเจิงของอนุภาคขนาดเล็กจะแปรผกผันกับกำลังสี่ของความยาวคลื่น
2. สามารถรวบรวมโฟตอนที่กระจัดกระจายจากภาพตัดขวางได้มากขึ้นโดยไม่ต้องใช้รูเข็ม
3. รูเข็มไม่สามารถแยกแยะโฟตอนที่กระจัดกระจายที่ปล่อยออกมาจากพื้นที่พร่ามัวหรือพื้นที่โฟกัสได้ และอัตราส่วนสัญญาณต่อสัญญาณรบกวนของการถ่ายภาพหลายโฟตอนในชั้นลึกนั้นดี
4. แสงอัลตราไวโอเลตหรือแสงที่มองเห็นได้ซึ่งใช้ในการกระตุ้นโฟตอนเดี่ยวจะถูกดูดซับและลดทอนได้ง่ายโดยตัวอย่างก่อนที่ลำแสงจะไปถึงระนาบโฟกัส และยากต่อการกระตุ้นชั้นลึก
5. ในแง่ของการสังเกตด้วยกล้องจุลทรรศน์ชีวภาพ สิ่งแรกที่ต้องคำนึงถึงคือไม่ทำลายสภาพการทำงานของสิ่งมีชีวิต และเพื่อรักษาการไหลของน้ำ ความเข้มข้นของไอออน ออกซิเจน และสารอาหาร ในกรณีสังเกตแสง ทั้งพลังงานความร้อนและโฟตอนจะต้องอยู่ภายในปริมาณการฉายรังสีและพลังงานแสงที่เซลล์จะไม่ได้รับความเสียหาย
6. กล้องจุลทรรศน์มัลติโฟตอนมีข้อดีหลายประการ เช่น ความละเอียดสามมิติ การเจาะลึก ประสิทธิภาพการกระเจิง แสงพื้นหลัง อัตราส่วนสัญญาณต่อสัญญาณรบกวน การควบคุม ฯลฯ ล้วนมีคุณลักษณะที่กล้องจุลทรรศน์เลเซอร์รุ่นก่อนไม่มีหรือเทียบไม่ได้
ข้อเสียของกล้องจุลทรรศน์สแกนด้วยเลเซอร์มัลติโฟตอน:
1. สามารถถ่ายภาพเรืองแสงได้เท่านั้น
2. หากตัวอย่างมีโครโมฟอร์ที่ดูดซับแสงกระตุ้น ตัวอย่างอาจได้รับความเสียหายจากความร้อน
3. ความละเอียดลดลงเล็กน้อย แม้ว่าจะสามารถปรับปรุงได้โดยใช้รูคอนโฟคอลพร้อมกัน แต่ก็มีการสูญเสียสัญญาณ
4. ถูกจำกัดด้วยเลเซอร์ความเร็วสูงพิเศษที่มีราคาแพง ต้นทุนของกล้องจุลทรรศน์สแกนแบบมัลติโฟตอนจึงค่อนข้างสูง
