กล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงและอิเล็กตรอนแตกต่างกัน เปรียบเทียบรูปแบบต่างๆ ของคำศัพท์ที่คล้ายกัน
กล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงสามารถมองเห็นเฉพาะโครงสร้างเซลล์ เช่น ผนังเซลล์ คลอโรพลาสต์ โครโมโซมที่ติดฉลาก ไมโทคอนเดรีย นิวเคลียส ฯลฯ ในขณะที่กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนสามารถสังเกตโครงสร้างเซลล์ทั้งหมดได้ พูดง่ายๆ ก็คือ กล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงสามารถเปิดเผยโครงสร้างระดับจุลภาคของเซลล์ได้ ในขณะที่กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนอาจเปิดเผยองค์ประกอบย่อยด้วยกล้องจุลทรรศน์
การขยายเป็นความแตกต่างหลัก ไม่ว่าจะใช้การซูมเท่าใด กล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงก็มีกำลังขยายสูงสุดเกินกว่าที่ตามนุษย์จะมองเห็นไม่ได้ y(นาที)=0.61*ความยาวคลื่น / (n*sinu) ค่าสูงสุดคือประมาณ 1.5 แม้ว่า n*sinu จะจมอยู่ในน้ำมันก็ตาม และปริมาณที่เหลือจะขึ้นอยู่กับขนาดของความยาวคลื่น ดังนั้นการซูมเข้าจึงไร้ประโยชน์เพราะกำลังขยายสูงสุดของกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงคือประมาณ 1,000 เท่า เนื่องจากความยาวคลื่นของลำแสงอิเล็กตรอนที่ใช้ในการสร้างภาพด้วยกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนนั้นสั้นกว่าแสงที่มองเห็นได้อย่างมาก จึงสามารถแก้ไขรายละเอียดเล็กๆ น้อยๆ ทำให้สามารถขยายได้ถึงหลายล้านภาพ
