ความเหมือนและความแตกต่างระหว่างกล้องจุลทรรศน์แบบกลับหัวและกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงธรรมดา
กล้องจุลทรรศน์คอนโฟคอล: เป็นวิธีการถ่ายภาพด้วยแสงที่ใช้การส่องสว่างแบบจุดต่อจุดและการปรับรูเข็มเชิงพื้นที่เพื่อขจัดแสงที่กระจัดกระจายออกจากระนาบที่ไม่ใช่โฟกัสของตัวอย่าง เมื่อเทียบกับวิธีการถ่ายภาพแบบดั้งเดิม สามารถปรับปรุงความละเอียดของแสงและความเปรียบต่างของภาพได้ แสงตรวจจับที่ปล่อยออกมาจากแหล่งกำเนิดแสงแบบจุดจะโฟกัสไปที่วัตถุที่สังเกตได้ผ่านเลนส์ หากวัตถุอยู่ที่จุดโฟกัสอย่างแม่นยำ แสงที่สะท้อนควรจะมาบรรจบกันกลับไปยังแหล่งกำเนิดแสงผ่านเลนส์ดั้งเดิม ซึ่งเรียกว่าคอนโฟคอล หรือเรียกโดยย่อว่าคอนโฟคอล กล้องจุลทรรศน์คอนโฟคอลจะเพิ่มกระจกไดโครอิกให้กับเส้นทางแสงที่สะท้อน ซึ่งจะเบนแสงสะท้อนที่ส่องผ่านเลนส์ไปแล้วไปในทิศทางอื่น มีรูเข็มอยู่ที่จุดโฟกัสซึ่งอยู่ที่จุดโฟกัส ด้านหลังแผ่นกั้นคือท่อโฟโตมัลติพลายเออร์ (PMT) สามารถจินตนาการได้ว่าแสงสะท้อนก่อนและหลังจุดโฟกัสของแสงตรวจจับไม่สามารถโฟกัสไปที่รูเข็มผ่านระบบคอนโฟคอลนี้ได้ และจะถูกบล็อกโดยแผ่นกั้น โฟโตมิเตอร์จึงวัดความเข้มของแสงสะท้อนที่จุดโฟกัส สิ่งสำคัญคือสามารถสแกนวัตถุกึ่งโปร่งใสได้ในสามมิติผ่านระบบเลนส์ที่เคลื่อนที่ได้ แนวคิดนี้เสนอโดยนักวิชาการชาวอเมริกัน Marvin Minsky ในปี 1953 และต้องใช้เวลาในการพัฒนา 30 ปีก่อนที่จะใช้เลเซอร์เป็นแหล่งกำเนิดแสงในการพัฒนากล้องจุลทรรศน์แบบคอนโฟคอลที่ตรงตามอุดมคติของ Marvin Minsky
กล้องจุลทรรศน์แบบกลับหัว: การจัดองค์ประกอบเหมือนกับกล้องจุลทรรศน์ทั่วไป ยกเว้นว่าเลนส์ใกล้วัตถุและระบบการส่องสว่างจะกลับด้าน โดยอันแรกอยู่ต่ำกว่าเวทีและอันหลังอยู่เหนือเวที ใช้งานง่ายและติดตั้งอุปกรณ์เก็บภาพอื่นๆ ที่เกี่ยวข้อง
กล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงเป็นกล้องจุลทรรศน์ชนิดหนึ่งที่ใช้เลนส์สายตาเพื่อสร้างเอฟเฟกต์การขยายภาพ แสงที่ตกกระทบจากวัตถุจะถูกขยายด้วยระบบการมองเห็นอย่างน้อยสองระบบ (เลนส์ใกล้วัตถุและช่องมองภาพ) ประการแรก เลนส์ใกล้วัตถุจะสร้างภาพจริงที่ขยายใหญ่ขึ้น ซึ่งสายตามนุษย์จะสังเกตได้ผ่านเลนส์ใกล้ตาที่ทำหน้าที่เป็นแว่นขยาย กล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงทั่วไปมีวัตถุประสงค์ที่เปลี่ยนแปลงได้หลายอย่าง ช่วยให้ผู้สังเกตสามารถเปลี่ยนกำลังขยายได้ตามต้องการ วัตถุประสงค์เหล่านี้มักจะวางอยู่บนจานเล็งที่หมุนได้ ซึ่งช่วยให้เลนส์ใกล้ตาที่แตกต่างกันสามารถเข้าสู่เส้นทางแสงได้อย่างง่ายดายโดยการหมุนจานเล็ง นักฟิสิกส์ค้นพบกฎระหว่างกำลังขยายและความละเอียด และผู้คนตระหนักว่าความละเอียดของกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงนั้นมีขีดจำกัด ขีดจำกัดของความละเอียดนี้จำกัดการเพิ่มกำลังขยายอย่างไม่สิ้นสุด โดยที่ 1,600 เท่า กลายเป็นขีดจำกัดสูงสุดของกำลังขยายสำหรับกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสง ซึ่งจำกัดการประยุกต์ใช้ทางสัณฐานวิทยาในหลายสาขาอย่างมาก
ความละเอียดของกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงถูกจำกัดด้วยความยาวคลื่นของแสง โดยทั่วไปจะไม่เกิน 0.3 ไมโครเมตร หากกล้องจุลทรรศน์ใช้แสงอัลตราไวโอเลตเป็นแหล่งกำเนิดแสงหรือวัตถุที่วางอยู่ในน้ำมัน ความละเอียดก็จะดีขึ้นอีก แพลตฟอร์มนี้ได้กลายเป็นรากฐานสำหรับการสร้างระบบกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงอื่นๆ
