ขั้นตอนในการใช้กล้องจุลทรรศน์แบบคอนทราสต์มีดังต่อไปนี้
① เลือกเลนส์ใกล้วัตถุคอนทราสต์เฟสที่เหมาะสมตามลักษณะและข้อกำหนดของชิ้นงานที่จะตรวจสอบ
②วางสไลด์ตัวอย่างไว้บนเวทีและปรับศูนย์กลางของแกนลำแสง
③ใช้กล้องโทรทรรศน์ปรับโคแอกเซียล ปรับไดอะแฟรมวงแหวนให้ซ้อนทับกับวงแหวนพื้นผิวคอนจูเกตบนแผ่นเฟส จากนั้นเปลี่ยนเลนส์ใกล้ตา ในระหว่างกระบวนการสังเกตการณ์ ทุกครั้งที่เปลี่ยนเลนส์ใกล้วัตถุหลายตัว จำเป็นต้องปรับไดอะแฟรมรูปวงแหวนใหม่ให้ตรงกับวงแหวนของคอนจูเกตพื้นผิวของแผ่นเฟส
④ เพิ่มตัวกรองสีเขียวและสังเกตตามขั้นตอนการทำงานของกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงทั่วไป
