เหตุใดกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนจึงมีความละเอียดสูงกว่ากล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงมาก
เนื่องจากกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนใช้ลำอิเล็กตรอนและกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงใช้แสงที่มองเห็นได้ และความยาวคลื่นของลำอิเล็กตรอนนั้นสั้นกว่าความยาวคลื่นของแสงที่มองเห็นได้ ความละเอียดของกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนจึงสูงกว่ากล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงมาก
ความละเอียดของกล้องจุลทรรศน์สัมพันธ์กับมุมตกกระทบของกรวยและความยาวคลื่นของลำอิเล็กตรอนที่ผ่านตัวอย่าง
ความยาวคลื่นของแสงที่ตามองเห็นอยู่ที่ประมาณ {{0}} นาโนเมตร ในขณะที่ความยาวคลื่นของลำอิเล็กตรอนสัมพันธ์กับแรงดันไฟฟ้าที่มีความเร่ง ตามหลักการของความเป็นคู่ของคลื่นและอนุภาค ความยาวคลื่นของอิเล็กตรอนความเร็วสูงจะสั้นกว่าแสงที่มองเห็นได้ และความละเอียดของกล้องจุลทรรศน์จะถูกจำกัดด้วยความยาวคลื่นที่ใช้ ดังนั้นความละเอียดของกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน (0.2 นาโนเมตร) สูงกว่ากล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสง (200 นาโนเมตร) มาก
การประยุกต์ใช้เทคโนโลยีกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนนั้นอาศัยกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงซึ่งมีความละเอียด {{0}}.2 μm และกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องผ่านซึ่งมีความละเอียด 0.2 นาโนเมตร กล่าวคือ อิเล็กตรอนแบบส่องผ่าน กล้องจุลทรรศน์จะถูกขยายด้วยปัจจัย 1,000 บนพื้นฐานของกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสง
แม้ว่าความละเอียดของกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนจะสูงกว่ากล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงมาก แต่ก็มีข้อเสียอยู่บางประการ:
1 ในตัวอย่างกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนจะต้องสังเกตในสุญญากาศดังนั้นจึงไม่สามารถสังเกตตัวอย่างที่มีชีวิตได้ ด้วยความก้าวหน้าของเทคโนโลยี กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องกราดด้านสิ่งแวดล้อมจะค่อยๆ ตระหนักถึงการสังเกตตัวอย่างสดโดยตรง
2 ในการประมวลผลตัวอย่างอาจสร้างโครงสร้างที่ไม่มีอยู่ในตัวอย่างเดิม ซึ่งทำให้การวิเคราะห์ภาพยากขึ้นหลังจากนั้น
3 เนื่องจากความสามารถในการกระเจิงของอิเล็กตรอนที่แข็งแกร่งมาก มีแนวโน้มที่จะเกิดการเลี้ยวเบนรองและอื่นๆ
4 เนื่องจากภาพฉายระนาบสองมิติของวัตถุสามมิติ บางครั้งภาพอาจไม่ซ้ำกัน
5 เนื่องจากกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องผ่านสามารถสังเกตตัวอย่างที่บางมากเท่านั้น และเป็นไปได้ว่าโครงสร้างของพื้นผิวของวัสดุจะแตกต่างจากโครงสร้างภายในของวัสดุ
6 ตัวอย่างบางเฉียบ (ต่ำกว่า 100 นาโนเมตร) กระบวนการเตรียมตัวอย่างซับซ้อนและยาก และมีความเสียหายต่อการเตรียมตัวอย่าง
7 ลำแสงอิเล็กตรอนอาจทำให้ตัวอย่างเสียหายโดยการชนและให้ความร้อน
8 ซื้อกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนและการบำรุงรักษาราคาค่อนข้างสูง
