ประเด็นหลายประการในการใช้กล้องจุลทรรศน์คอนทราสต์เฟส:
(1) การกลับเฟสเมื่อ n '
(2) เอฟเฟกต์รัศมีและการหรี่แสงทีละน้อยในกระบวนการถ่ายภาพของกล้องจุลทรรศน์คอนทราสต์เฟส เมื่อโครงสร้างมืดลงเนื่องจากการหน่วงเฟส ไม่ใช่การสูญเสียแสง แต่เป็นผลมาจากการกระจายแสงบนระนาบภาพ ดังนั้นแสงที่หายไปอย่างชัดเจนในบริเวณที่มืดจะปรากฏเป็นรัศมีสว่างรอบๆ วัตถุที่มืดกว่า นี่เป็นข้อเสียของการใช้กล้องจุลทรรศน์คอนทราสต์แบบเฟส ซึ่งเป็นอุปสรรคต่อการสังเกตโครงสร้างที่ละเอียด เมื่อรูรับแสงวงแหวนแคบมาก ปรากฏการณ์รัศมีจะรุนแรงยิ่งขึ้น ปรากฏการณ์อีกประการหนึ่งของกล้องจุลทรรศน์คอนทราสต์เฟสคือเอฟเฟกต์การหรี่แสง ซึ่งหมายถึงการลดลงของคอนทราสต์ที่ขอบของพื้นที่ขนาดใหญ่ โดยมีการหน่วงเฟสเดียวกันที่สังเกตได้ในระหว่างการสังเกตคอนทราสต์เฟส
(3) อิทธิพลของความหนาของตัวอย่าง เมื่อสังเกตความแตกต่าง ความหนาของตัวอย่างควรอยู่ที่ 5 µm หรือทินเนอร์ เมื่อใช้ตัวอย่างที่หนาขึ้น ชั้นบนของตัวอย่างจะชัดเจน ในขณะที่ชั้นที่ลึกกว่าจะเบลอและทำให้เกิดการรบกวนการเปลี่ยนเฟสและการรบกวนการกระเจิงของแสง
(4) อิทธิพลของกระจกครอบและตัวเลื่อนบนตัวอย่างจะต้องถูกคลุมด้วยกระจกครอบ มิฉะนั้น วงแหวนสว่างของรูรับแสงวงแหวนและวงแหวนสีเข้มของเพลตเฟสจะทับซ้อนกันได้ยาก การสังเกตความแตกต่างยังมีข้อกำหนดสูงสำหรับคุณภาพของกระจกสไลด์และกระจกครอบ เมื่อมีรอยขีดข่วน ความหนาไม่สม่ำเสมอ หรือไม่สม่ำเสมอ อาจทำให้เกิดการบิดเบือนของวงแหวนสว่างและการรบกวนเฟสได้ นอกจากนี้หากกระจกสไลด์หนาหรือบางเกินไป จะทำให้รูรับแสงวงแหวนใหญ่ขึ้นหรือเล็กลง
ปัจจุบันกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงได้พัฒนาจากกล้องจุลทรรศน์ชีวภาพแบบเดิมๆ มาเป็นกล้องจุลทรรศน์เฉพาะทางประเภทต่างๆ ตามหลักการถ่ายภาพสามารถแบ่งออกเป็น:
1. กล้องจุลทรรศน์เชิงแสงแบบเรขาคณิต: รวมถึงกล้องจุลทรรศน์ชีวภาพ, กล้องจุลทรรศน์แบบแสงตก, กล้องจุลทรรศน์แบบกลับด้าน, กล้องจุลทรรศน์โลหะ, กล้องจุลทรรศน์สนามมืด ฯลฯ
2 กล้องจุลทรรศน์เชิงแสงทางกายภาพ: รวมถึงกล้องจุลทรรศน์คอนทราสต์เฟส, กล้องจุลทรรศน์โพลาไรเซชัน, กล้องจุลทรรศน์รบกวน, กล้องจุลทรรศน์โพลาไรซ์คอนทราสต์เฟส, กล้องจุลทรรศน์รบกวนคอนทราสต์เฟส, กล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนซ์คอนทราสต์เฟส ฯลฯ
3 กล้องจุลทรรศน์แปลงข้อมูล: รวมถึงกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนซ์ ไมโครสเปกโตรมิเตอร์ กล้องจุลทรรศน์วิเคราะห์ภาพ กล้องจุลทรรศน์อะคูสติก กล้องจุลทรรศน์ถ่ายภาพ กล้องจุลทรรศน์โทรทัศน์ ฯลฯ
แสดงรายการการใช้กล้องจุลทรรศน์หลายอย่าง: กล้องจุลทรรศน์ชีวภาพ: โดยทั่วไปแล้ว กล้องจุลทรรศน์สามารถแบ่งออกเป็นกล้องจุลทรรศน์สเตอริโอและกล้องจุลทรรศน์ชีวภาพ เนื่องจากวัตถุประสงค์และข้อกำหนดที่แตกต่างกัน จึงมีสาขาหลายแห่งเกิดขึ้น แต่หลักการพื้นฐานยังคงเหมือนเดิม โพลาไรเซชัน คอนทราสต์ของเฟส การส่งผ่าน และแสงตกยังคงจัดอยู่ในประเภทกล้องจุลทรรศน์ชีวภาพ กล้องจุลทรรศน์สามมิติหรือที่เรียกว่ากล้องจุลทรรศน์กายวิภาค กล้องจุลทรรศน์แข็ง และกล้องจุลทรรศน์สเตอริโอ เป็นกล้องจุลทรรศน์อเนกประสงค์ ใช้งานง่าย มีข้อกำหนดต่ำสำหรับชิ้นงาน มีระยะการทำงานที่ยาวนาน และมีความรู้สึกสามมิติที่แข็งแกร่งเมื่อสังเกต สามารถใช้สังเกตวัตถุทางกายภาพหรือดำเนินการบางอย่างกับชิ้นงานทดสอบขณะสังเกตได้ แทนที่จะหั่นชิ้นงานทดสอบเหมือนกล้องจุลทรรศน์ชีวภาพ การหั่นต้องใช้เทคโนโลยีและอุปกรณ์ที่เกี่ยวข้อง ดังนั้น กล้องจุลทรรศน์สเตอริโอจึงมีการใช้งานที่หลากหลายในสาขาต่างๆ เช่น ไมโครอิเล็กทรอนิกส์ การประกอบและบำรุงรักษาเครื่องมือที่มีความแม่นยำ และการแกะสลักขนาดเล็ก ใช้กันอย่างแพร่หลายในกายวิภาคศาสตร์และจุลศัลยกรรมในสาขาชีววิทยาและการแพทย์ (ปัจจุบันจัดอยู่ในประเภทกล้องจุลทรรศน์ผ่าตัด) แหล่งกำเนิดแสงที่ใช้ในชีววิทยาและการแพทย์สามารถเป็นแหล่งกำเนิดแสงเย็นได้เท่านั้น (ไฟเบอร์ออปติก) ใช้ในอุตสาหกรรมสำหรับการสังเกต การประกอบ ตรวจสอบ และงานอื่น ๆ ของชิ้นส่วนขนาดเล็กและวงจรรวม กล้องจุลทรรศน์ทางโลหะวิทยา: หลายๆ คนชอบเขียนว่า "กล้องจุลทรรศน์ทางโลหะวิทยา" กล้องจุลทรรศน์ทางโลหะวิทยาเป็นกล้องจุลทรรศน์ที่ใช้โดยเฉพาะในการสังเกตโครงสร้างทางโลหะวิทยาของวัตถุทึบแสง เช่น โลหะและแร่ธาตุ วัตถุทึบแสงเหล่านี้ไม่สามารถสังเกตได้ด้วยกล้องจุลทรรศน์แบบส่องผ่านแบบธรรมดา ดังนั้นความแตกต่างที่สำคัญระหว่างวัตถุเหล่านี้กับกล้องจุลทรรศน์แบบธรรมดาก็คือ วัตถุแบบแรกใช้แสงสะท้อน ในขณะที่วัตถุแบบหลังใช้แสงที่ส่องผ่านเพื่อให้แสงสว่าง ในกล้องจุลทรรศน์โลหะวิทยา ลำแสงส่องสว่างจะถูกส่งตรงจากเลนส์ใกล้วัตถุไปยังพื้นผิวของวัตถุที่สังเกต ซึ่งสะท้อนจากพื้นผิว จากนั้นจึงกลับไปยังเลนส์ใกล้วัตถุเพื่อทำการถ่ายภาพ วิธีการสะท้อนแสงนี้ยังใช้กันอย่างแพร่หลายในการตรวจจับเวเฟอร์ซิลิคอนวงจรรวม
