ความแตกต่างระหว่างกล้องจุลทรรศน์แรงอะตอมกับกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงและกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน
ข้อแตกต่างที่สำคัญระหว่าง AFM และเทคโนโลยีที่แข่งขันกัน เช่น กล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงและอิเล็กตรอนคือ AFM ไม่ใช้เลนส์หรือลำแสง ดังนั้นจึงไม่ถูกจำกัดด้วยความละเอียดเชิงพื้นที่เนื่องจากการเลี้ยวเบนและความคลาดเคลื่อน และไม่จำเป็นต้องเตรียมพื้นที่สำหรับกำหนดทิศทางของลำแสง (โดยการสร้างสุญญากาศ) และการย้อมสีตัวอย่าง
กล้องจุลทรรศน์แบบส่องกราดมีหลายประเภท ได้แก่ กล้องจุลทรรศน์โพรบแบบส่องกราด (รวมถึง AFM, กล้องจุลทรรศน์แบบส่องกราดอุโมงค์ (STM) และกล้องจุลทรรศน์แบบส่องกราดระยะใกล้ (SNOM/NSOM), กล้องจุลทรรศน์แบบ STED (STED) ตลอดจนกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องกราดและอะตอมเคมีไฟฟ้า กล้องจุลทรรศน์แรง EC -AFM) แม้ว่า SNOM และ STED จะส่องสว่างตัวอย่างด้วยแสงที่มองเห็นได้ แสงอินฟราเรด หรือแม้แต่แสงระดับเทระเฮิรตซ์ แต่ความละเอียดของแสงเหล่านี้ไม่ได้ถูกจำกัดด้วยขีดจำกัดการเลี้ยวเบน
